Második évad

1. Rész: Manhunt

A hajszába a szövetségiek is bekapcsolódnak Alexander Mahone képviseletével, Ballack-ék örömére. Michael-ék folytatják a menekülést és sikerül is kis időt nyerniük! Egy vonat segítségével vágják el az útjukat az üldözök elől. Mindenki kissé aggódik, hiszen nem futhatnak örökké! Micheal erre is gondolt! Útjuk során egy családtól - akik vadásztak - fegyvert és autót lopnak, mellyel Oswego-ba mennek, ahol az "úti segélyt" markolják fel  (Pénz, ruha, telefon, kocsi, stb.)

Viszont Mahone rafináltabb, mint gondolnánk! Elkezdi megfejteni a fiú tetkóját, valamint arra is rájön, hogy a fiú lakásával szemközti folyót is át kellene kutatni. (Ide dobta Micheal a vinyót) Veronica eközben megtalálja Terrence-t egy eldugott helyen! Lincoln ekkor hívja fel, ám közben kiérkeznek a lány által hívót szövetségi emberek, akik megölik őt! Sara felébred a kómából és nem tudja, hogy jól döntött-e?!

2. Rész: Otis

A csapat útja szétválnak, de titkon mindenki tudja hogy még találkozni fognak Utah-ban. T-Bag egy állatorvosi rendelőben visszavarratja a kezét, míg Tweener az egyetemen próbál fuvart szerezni. Popenak és Bellciknek felelniük kell a tetteikért, így mindketten kénytelenek elbúcsúzni a FOX Rivertől. Michael és Lincoln LJ-t akarja kiszabadítani, de a leleményes Mahone ügynök megakadályozza őket. A menekülés közben Lincoln kap egy golyót is, ami tovább nehezíti a menekülést. Időközben bejelentik a 8 fegyenc vérdíját is, ami elég nagy hatással lesz Bellickre.

3. Rész: Scan

A vérző Lincolnt Michael a feleségéhez viszi, hisz más barátjuk nem nagyon létezik. Michael rájön, hogy Mahone szinte minden lépéséről tud, így egy beteg tervvel áll elő. Sarat kiengedik a kórházból, de a rendőrök egyből le is tartóztatják. Bellick és Roy szövetkeznek és hamarosan már a Michaelék nyomában járnak. C-Note-nak egyre jobban hiányzik a családja, ezért mindent megtesz, hogy a közelükben lehessen. Sucre eközben szintén útnak indul, hogy megakadályozza Maricruz házasságát.

4. Rész: First Down

Bellick és Roy elfogja Michaeléket és Westmoreland 5 milliója után érdeklődnek. Szerencsére Nika Michaelék oldalára áll és segít neki megszökni, de maga is csak a pénzre hajt. T-Bag majdnem lebukik a lopott autója miatt, de egy idegen család a védelme alá veszi. Vesztükre T-Bag nem sokat változott a szökés óta. Tweener és az egyetemista diáklány közt kezd kialakulni valami, de ez csak egy csapda lesz, amit Tweener nem akar észrevenni. Abruzzi és családja könnyedén elszökhetne az országból, de John előtte még bevállal egy gyilkosságot. Ez viszont az életébe kerül. Mahone egyre jobban kezd bekattanni, hisz Michaelnek folyamatosan sikerül túljárnia az eszén.

5. Rész: Map 1213

Kelerman egyre közelebb kerül Sara-hoz, míg végül Michael is egy karnyújtásra van tőle. T-Bag összefut Tweenerrel és szövetkeznek, vagy még se? Michael és Lincoln rábukkan a két fegyencre, de hála T-Bag leleményességének kénytelenek együtt felkutatni a kincset. A hely már adott, de azóta elég rendesen beépülték. Eközben Franklin és Sucre is Utah-ba tart, de elég sok hibát követnek el. Így Mahone is a nyomukra akad. Azonban az FBI ügynökkel sincs minden rendben, hisz gyógyszereken él és elég rendesen titkol valamit.

6. Rész: Subdivision

Michaelék megtalálják a pénz rejtekhelyét, de az idő elteltével teljesen beépítették a helyet. Mchael gyorsan megtalálja a silót, de ezzel együtt problémái is adódnak, így kénytelen igénybe venni Tweener segítségét. A tolvaj azonban hibát hibára halmoz csak úgy mint a többiek, így Mahone könnyedén a rájön a tervükre. Időközben Franklin és Suce is megérkezik a helyszínre, ami csak tovább növeli a feszültséget. Sara apja rájön, hogy Kellerman nem az akinek mondja magát. Mahone lefüleli Tweenert, miközben a csapatra rászabadulnak a rendőrök a garázsban.

7. Rész: Buried

A rendőr aki meglátogatja Michaelékat nem más mint a tulaj lánya, aki egészen könnyen sikerül leszerelnie a csapatnak. Kellerman kudarcot vallott Sara-nál, így egy új nyomra állítják. Szabadul engedik LJ. aminek a hírére Lincoln elhagyja a csapatot. Tweenert elkapja Mahone és vallomásra bírja, de a fiú sikeresen átveri. Bosszúból az ügynök meg lelövi. Közben a csapat megtalálja a pénzt, de Sucre közbelép a távozást illetően.

8. Rész: Dead Fall

Sarat megakarják gyilkolni, de szerencsére még időben elmenekül. Azonban tudomás kell venni, hogy mindenki ellene van és csak Michael-ben bízhat, így el is kezdi keresni a nyomait. Viszont az utolsó nyom, ami a találkájuk helyét mutatja meg Kellerman kezébe kerül. Michael és Sucre terve ballul sül el és a pénz végül T-Bag-hez kerül. Az incidens felkeltette a hatóságok és Bellick-ék figyelmét is, akik újra hajtóvadászatot indítanak. Lincoln és LJ végre együtt vannak, de kérdéses hogy meddig. Mahone ellen vizsgálat indul, de Kellerman kimenekíti, mivel a fejvadász is neki dolgozik.

9. Rész: Unearthed

Saranak nagy nehezen sikerül megfejtenie a kódolt üzenetet, de sajnos nincs egyedül vele. Michael megtudja hogy Mahone szinte minden tervét ismeri, így utána néz a férfinak, aki elég sötét titkokat rejteget. LJ és Lincoln útban vannak a találka felé, de egyre több hibát vétenek és végül lekapcsolják őket. T-Bag felkeresi hajdani szerelmét, de csak egy üres lakást talál, ahol Bellick-ék várják. Franklin felkeresi a régi bandáját, hogy segítsenek neki kimenekíteni a családját a hatóságok karmai közül.

10. Rész: Rendezvous

Sara és Michael találkoznak, de Mahone is a nyomukra bukkan. Szerencsére Micheal leleményességének lerázzák az ügynököt, de Sara mégsem tart a vele, helyette Kellerman csapdájába sétál. Bellick-ék kiszedik a kulcsot T-Bag-ből, majd a zsarukra bízzák. Bellick viszont így sem örülhet, mivel a társa ismét elárulta. Lincoln-t és LJ-t megszökteti egy csapat, akik Lincoln apjának Aldonak dolgoznak. Azonban itt sincsenek biztonságban, mivel a csapatban van egy áruló, aki Kim-nek dolgozik.

11. Rész: Bolshoi Booze

12. Rész: Disconnect

13. Rész: The Killing Box

...